2011. január 1-jei hatállyal alakul meg az Adó- és Pénzügyi Ellenőrzési Hivatal, illetve a Vám- és Pénzügyőrség közös jogutódja, a Nemzeti Adó- és Vámhivatal. A két hatóság összeolvadását követően, egységes szervezetben is hasonló hierarchiában fog működni, mint ma a vámhatóság, illetve az állami adóhatóság. Lesznek központi, középfokú és alsó fokú szervek.

A központi szervek közül a mai VPOP Vámigazgatósága és Jövedéki Igazgatósága főosztályainak feladatait a Központi Hivatal illetékes főosztályai veszik át.

A közép- és alsó fokú szervek között lesznek vám-, adóztatási- és bűnügyi feladatokat ellátó szervek. A NAV középfokú szervei a regionális vám- és pénzügyőr főigazgatóságok, amelyek átveszik a korábbi regionális parancsnokságok csaknem valamennyi feladatát. A Központi Repülőtéri Parancsnokság feladatait a Repülőtéri Főigazgatóság veszi át. A Vám- és Pénzügyőrség Vegyvizsgáló Intézete feladatait a NAV Szakértői Intézete veszi át, melynek jogkörei kibővülnek az igazságügyi szakértői intézeti tevékenységgel. Az alsó fokú szervek megyei igazgatóságokként folytatják tovább munkájukat, fő szabályként egy megyében egy-egy alsó fokú szerv működik majd; a korábban működött, ugyanazon megyében elhelyezkedő vám- és pénzügyőri hivatalok a megyeszékhelyeken megalakuló vám- és pénzügyőri igazgatóságok kirendeltségei lesznek. Ugyanez vonatkozik a határvámhivatalokra is, melyek határkirendeltségekként élnek tovább, szintén a megyei igazgatóságok alárendeltségében. A regionális ellenőrzési központok megszűnnek, tevékenységük alsó fokú szintre, a megyei igazgatóságokhoz kerül.

A jövedéki szakterületet illetően az első fokú hatósági jogkörök gyakorlásának rendszere alakul át alapvetően a NAV létrejöttével. 2011. január 1-jétől megszűnnek a regionális ellenőrzési központok, illetve a korábban Budapesten működő speciálisan csak jövedékes feladatokat ellátó vám- és pénzügyőri hivatalok, így a Pesti Jövedéki Adójegy és Zárjegy Hivatal és a 18. számú Vám- és Pénzügyőri Hivatal. Az 1. számú Repülőtéri Igazgatóság nem lát el jövedéki feladatokat, míg a 2. számú Repülőtéri Igazgatóság kizárólag jövedéki ellenőrzéssel és hatósági felügyelettel foglalkozik majd.

Speciális helyzetben lesz a mai Közép-magyarországi Regionális Parancsnokság, illetve az illetékességi területén elhelyezkedő hivatalok. Budapesten, illetve Pest megyében négy fővárosi, illetve megyei igazgatóság alakul, illetékességi területük az állami adóhatóság fővárosi és Pest megyei szerveinek illetékességi területéhez igazodik. Létrejön a regionális parancsnokság utódaként megalakuló főigazgatóság alárendeltségében egy új vámszerv, a Kiemelt Ügyek és Adózók Vám- és Pénzügyőri Igazgatósága (KAVIG). A regionális kiemelt adózók tekintetében a KAVIG gyakorolja majd a jövedéki első fokú hatósági jogköröket, a jövedéki ellenőrzés és a hatósági felügyelet kivételével. A KAVIG 2011. január 1-jétől átveszi a 17. számú Vám- és Pénzügyőri Hivatal országos hatáskörrel ellátott engedélyezési feladatait. Fontos hangsúlyozni, hogy a KAVIG vámeljárásokat nem végez. (Kivéve a villamos energia, a biztonsági papír, a nemesfém és drágakő, valamint a Budapesten és Pest megyében működő diplomáciai testületek).